其剧烈疼痛的主要原因是由于排粪时肛裂裂口内神经末梢受到刺激，立刻引起肛门内烧痛和刀割样疼痛，从而使得肛门内括约肌痉挛收缩，导致持续性疼痛。然后，随着时间的推移，括约肌渐渐疲乏松弛，疼痛随之减轻，并逐渐消失。这在肛裂疼痛症状中，称之谓“疼痛的一个周期”。

　　另外，不仅排粪可引起肛裂的剧痛，咳嗽、喷嚏，以及排尿等都可引起这种疼痛周期。